Un par de gemelas de aspecto diminuto, habitantes de la isla de Beru, custodian celosamente a su deidad "Mothra". Desgraciadamente, son raptadas y trasladadas a Tokio por un expedicionario sin escrúpulos para ser explotadas artísticamente. Las gemelas utilizarán sus poderes místicos para revivir al gusano gigante a través de la telepatía. Éste a su vez se dirigirá a Tokio, con el firme propósito de recuperar a sus guardianas, ya convertido en polilla gigante y arrasándolo todo a su paso.

En una playa de Japón, unos pescadores descubren un huevo gigantesco. El huevo es vendido a Yamamura, un corrupto hombre de negocios que pretende incubarlo para convertir a la criatura contenida en él en la principal atracción de un parque temático de próxima inauguración. Yamamura no toma en serio a las dos diminutas gemelas protectoras de Mothra, las Aelinas, que lideran una iniciativa popular para que el huevo sea devuelto a su madre, que solo accederá a enfrentarse con Godzilla cuando este amenace la integridad de su criatura.

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Tres monstruos (Mothra, Godzilla y Rodan) se alían para salvar al Japón (y al mundo entero, occidental y no occidental) de la destrucción a la que se ve amenazado por el terrible monstruo de tres cabezas Ghidorah.

Gorath es un meteoro errante (6000 veces más grande que nuestro planeta) que viaja inexorablemente en curso de colisión contra la Tierra, absorbiendo todo lo que se le envía. Los cientificos tendrán que evitarlo, pero la cosa es difícil ya que la solución propuesta para escapar niega todas las posibilidades de la física al apartar nuestro planeta del camino de Gorath. Tras una cumbre de científicos internacional se propone el lanzamiento de unos proyectiles desde el Polo Sur. Pero el calor provoca el derretimiento de un casquete y la liberación de Maguma, una monstruosa morsa gigante.

Alemania, 1945. El corazón del monstruo de Frankenstein es conducido a Japón y, mientras es examinado, cae la bomba de Hiroshima. Quince años más tarde, un niño que ha brotado del corazón inmortal es atrapado, pero se comprueba que su crecimiento es imparable.